В справочниках можно найти лишь информацию о постановке знаков препинания при союзе в том числе в случаях, когда союз имеет значение ‘включая что-либо, кого-либоʼ и начинает присоединительный оборот, то есть когда в предложении названо то целое, частью которого является присоединяемое с помощью в том числе. Случаи, когда союз лишь показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (то есть ‘не только, но и’), в справочниках не рассмотрены. Об этом пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. В статье приводятся примеры из текстов публицистического и официально-делового стилей, аналогичные приведённым Вами. Судя по ним, в практике письма встречаются разные варианты постановки знаков препинания при таком «самостоятельном» в том числе.

Очевидно, здесь играет роль не само по себе наличие в том числе, а какие-то другие факторы. Так, в первом из примеров логическое ударение несёт на себе сочетание снижает эффективность работы указанных сотрудников, а то, что начинается с в том числе, служит добавочным замечанием, то есть представляет собой присоединительный оборот: ...текущий размер мониторов снижает эффективность работы указанных сотрудников, в том числе при выполнении ими ключевых задач предприятия. Во втором же примере логическое ударение приходится на часть, которая начинается с в том числе (и), что не предполагает обособления оборота: ...уничтожение молодых зеленых насаждений происходит в том числе и по причине чрезмерной охоты на хищников.

Отметим, что употребление оборота с «самостоятельным» в том числе во многих случаях выглядит стилистически неудачным – см., например, ответ на вопрос 308092.

Большой толковый словарь

Не существует какого-то отдельного специального правила, которое бы определяло, какие слова в названиях культов, сект, духовно-рыцарских  орденов, братств и пр. следует писать с прописной буквы, тем более если речь идет, как в Ваших вопросах, о названиях разного типа: с одной стороны, о реальных исторических наименованиях, а с другой — о вымышленных названиях в художественных произведениях.

В общем и целом можно руководствоваться правилом о написании названий учреждений, организаций, обществ, политических партий и объединений: в них с прописной буквы пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные (ср.: Ливонский орден, Тевтонский орден, Мальтийский орден, орден Гроба Господня – здесь всё по правилу). Родовые наименования по общему правилу пишутся строчными. Но на орфографическое оформление конкретного названия могут влиять и употребление слова не в своем обычном значении, и традиция, связанная с названием: наименование, имеющее давнюю традицию употребления, может быть оформлено иначе, чем название, придуманное для современного художественного произведения в стиле фэнтези, например.

Написание рыцари Круглого стола зафиксировано академическим орфографическим словарем «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН. Этому не противоречит написание Рыцари Колумба, т. к. в данном случае Рыцари — первое слово в названии католического движения, к тому же здесь оно не в своем обычном «средневековом» значении.

Если говорить о написаниях типа орден Пылающей Розы / Пылающей розы, орден Черной Пантеры / Черной пантеры, то предпочтительно  по общему правилу писать орден Пылающей розы, орден Черной пантеры (ср.: Война Алой и Белой розы), но в художественных и стилистических целях, чтобы подчеркнуть образность названия, можно допустить и орден Пылающей Розы, орден Черной Пантеры. Однако в таких случаях, как культ Восставших из ада, где название состоит из нескольких слов, включая служебные, написание каждого слова с прописной будет совершенно неуместным.

В «Справочнике издателя и автора» А. Э. Мильчина и Л. К. Чельцовой (М., 2014) есть такая рекомендация.

«В стихотворную цитату, набранную как проза внутри основного текста в подбор с ним, вводят для обозначения стихотворных строк одинарную или двойную косую черту либо одинарную или двойную вертикальную линейку на местах, где кончается одна стихотворная строка и начитается другая.

Знаки препинания перед таким знаком и прописную букву в начале строки после знака сохраняют» (§ 8.1.11).

Стихотворный текст, состоящий из двух и более строф, располагать внутри текста в подбор с ним нежелательно: цитату будет трудно воспринимать. Однако, если по каким-то причинам это необходимо сделать, можно использовать предложенный Вами прием. Он логичен и должен быть понятен читателю. 

Большой толковый словарь

В «Морфемно-орфографическом словаре» А. Н. Тихонова, а также в «Словаре морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой в слове закладка выделен корень -клад- (за-клад-к-а). Это результат анализа морфемного состава слова (разбор слова по составу в школьной терминологии).

Также это слово фиксируется в словообразовательных словарях разного объема, включая большой двухтомный «Словообразовательный словарь русского языка» А. Н. Тихонова. Этот словарь отражает не полный морфемный состав слов, а только их словообразовательные связи и словообразовательные средства, использованные при образовании каждого производного слова; в заголовке (вершине) словарной статьи словообразовательного словаря находится непроизводное слово, далее указываются словообразовательные цепочки, демонстрирующие образование всех слов, входящих в словообразовательное гнездо. В «Словообразовательном словаре русского языка» А. Н. Тихонова показано, что слово закладка образовано с помощью следующей словообразовательной цепочки: класть → за-класть (приставочный способ) → заклад-ыва-ть (суффиксальный способ) → заклад (бессуфиксный способ) → заклад-к-а (суффиксальный способ). В каждом производном слове, входящем в словообразовательное гнездо, выделяются морфемы, с помощью которых оно образовано; полное морфемное членение слов отсутствует. Например, в глаголе закладывать указаны только границы суффикса -ыва-, а граница между приставкой и корнем ― нет. По этой же причине не указана морфемная граница между приставкой за- и корнем -клад- в словах заклад и закладка, хотя эта граница есть.

Возможно, в задании было предложено выполнить словообразовательный, а не морфемный разбор слова закладка. При словообразовательном разборе необходимо установить, от какой производящей основы и с помощью какого словообразовательного средства образовано данное производное слово; полное членение производящей основы на морфемы не производится. В таком случае заклад — это производящая основа, производная — заклад-к-, словообразовательное средство — суффикс -к-(заклад → заклад-к-а). 

Для правильного морфемного и словообразовательного разбора слов надо знать принципы этих типов анализа (разделы «Морфемика» и «Словообразование» в школьной программе). Для проверки следует использовать морфемные и словообразовательные словари. Чтобы понимать, каким образом информация о структуре слова представлена в том или ином словаре, перед использованием словаря необходимо внимательно ознакомиться с теоретическими принципами строения словаря и особенностями структуры словарных статей. 

Корректно: в 1990–2000-е годы.

Прилагательное жилищный имеет значение «относящийся к строительству, благоустройству жилья, к эксплуатации жилья, к административному управлению фондом жилых помещений». Толковые словари обычно толкуют это слово, отсылая к существительному жилище, — см., например, в «Словаре русского языка», изд. 2, т. 1, М., 1981, с. 485: «… прил. к жилище; в «Толковый словарь русского языка» С. И. Ожегова и Н. Ю. Шведова. М., 1997, с. 194: в составе словарной статьи жилище: …прил. жилищный». Жилой — «такой, в котором живут (или проживают) люди, предназначенный для жилья, проживания».
Прилагательное жилищный употребляется главным образом в сочетании со словами, присущими деловому стилю, оно употребительно в официальных бумагах. Такие словосочетания представляют собой в подавляющем большинстве юридические, административные, номенклатурные термины: жилищное право, жилищный кодекс, жилищное законодательство, жилищное строительство, жилищные условия, жилищный фонд, жилищная квота, жилищная норма, жилищный сертификат, жилищное товарищество, жилищный кооператив, жилищная комиссия, жилищный отдел и т. п., а также устойчивые сочетания книжного характера: жилищный вопрос, жилищная проблема, жилищная политика, жилищная программа и т. п.

Слово жилой тоже представлено в официальных бумагах, в сочетании со словами, обобщённо обозначающими жильё или жилище; список таких слов ограничивается в основном лексемами «помещение» и «площадь»: жилое(ые) помещение(я), жилая площадь. Между тем оно широко используется (во всяком случае по сравнению с прилагательным жилищный) в общелитературном употреблении и в разговорной (литературной) речи. Прилагательное жилой при этом вступает в сочетания со словами общеупотребительными, «нейтральными» по экспрессивной окраске, такими, как дом, квартира, чердак, подвал, этаж и под.

Различие в семантике, значениях рассматриваемых слов хорошо выявляется в текстах, в которых они употребляются одновременно. Например: «… жилищный фонд — совокупность всех жилых помещений независимо от форм собственности, включая жилые дома, специализированные дома (общежития, гостиницы, дома-интернаты и др.), квартиры, служебные жилые помещения, иные жилые помещения в других строениях, пригодные для проживания» (Закон Российской Федерации «Об основах федеральной жилищной политики» от 24.12.1992).

Разных по смыслу сочетаний с одним и тем же словом прилагательные жилой и жилищный не образуют. Есть синонимические словосочетания жилищный фонд и жилой фонд. Общепринятым, закреплённым в нормативных актах, в официальном словоупотреблении, терминологическим сочетанием является жилищный фонд. Словосочетание же жилой фонд допустимо в разговорной речи, поскольку оно соответствует словарному значению прилагательного жилой: «…предназначенный для жилья, проживания»; существительное фонд, как и в словосочетании жилищный фонд, обозначает совокупность известных предметов — в данном случае помещений, пригодных для жилья, проживания в них и таких, в которых уже живут люди.

Правильно: в официальной речи – жилищный фонд, в разговорной речи – жилой фонд.

См.: 116">http://gramota.ru/spravka/trudnosti/36116

Вы правы, правило часто формулируется так, что под него нельзя подвести слова с двумя приставками типа подызносить. Однако академические правила (то есть наиболее полные, детальные) учитывают данные слова. См. Полный академический справочник под ред. В. В. Лопатина, § 12, п. 2.