Это сложноподчиненное предложение с одним придаточным: из которого перед этим спустили воду. Оно выделяется с двух сторон запятыми по общему правилу, поэтому запятая перед и нужна: Александр II и его свита осматривали специально устроенный бассейн, из которого перед этим спустили воду, и на дне были видны рыбы всех пород, существующих в Каспийском море.
В первом предложении слово только лишнее, так не говорят. Верно: Мы здесь одни. Так что в данном случае одинаковое значение у слова одни и сочетания только вдвоем. Это контекстные синонимы, то есть в другом контексте (например, если бы речь шла не о двух людях, а о трех) они синонимами могут и не быть.
Правила следующие.
Прилагательные, образованные от существительных, пишущихся через дефис, тоже пишутся через дефис. Исключения: москворецкий, Китайгородский.
Существительные, образованные от пишущихся через дефис собственных имен (состоящих из двух частей с начальными прописными буквами), пишутся слитно.
Существительные, образованные от пишущихся через дефис нарицательных существительных, тоже пишутся через дефис. Исключения: зюйдвестка, пингпонгист, сальтоморталист, шахермахерство, яхтклубовец.
Для постановки запятой после слова интенции нет оснований.
Обороты с непервообразными предлогами могут обособляться, чтобы предложение не выглядело двусмысленным, но при этом запятые должны стоять с двух сторон оборота. В данном случае — до и после оборота вследствие асимметричного дуализма всякой когнитивной интенции. На наш взгляд, обособление этого оборота не сделает фразу яснее.
Все три вызывающие сомнения предложения могут употребляться в двух вариантах: Вот и сказочке конец / Вот и сказочки конец. Вопросы задаются так: Вот и конец (пришел) — чему? — сказочке или Вот и конец — чего? — сказочки.
Грамматически верны оба варианта, чаще употребляются варианты: Вот и сказочки начало; вот и сказки половина, вот и сказочке конец.
Пунктуация верна. Если однородных членов предложения больше двух и союз и повторяется хотя бы дважды (а в приведенном случае оба этих условия соблюдены), запятая ставится между всеми однородными членами, в том числе перед первым и. См. параграф 26 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).
При склонении этого составного термина изменяются обе его части; ср. ось вала-шестерни. Род термина определяется по слову, базовому с точки зрения смысловых особенностей высказывания; ср.: быстроходный вал-шестерня, установлен вал-шестерня, на рисунке представлена вал-шестерня. Допускаем, что в профессиональной среде сложилась и речевая традиция считать базовым только одно из двух слов в сложном наименовании.
В любом случае вторая из двух указанных Вами запятых нужна: необходимо разделить части сложноподчиненного предложения. Что касается первой запятой, то здесь возможны варианты: в связи с тем что — сложный подчинительный союз, а в начале предложения такие союзы обычно не расчленяются; впрочем, если необходимо логически выделить первую часть союза, то его расчленение допустимо.
Можно лишь строить догадки, почему во фразе использовано причастие настоящего времени угрожающее. Если описываются произошедшие события в их хронологической последовательности, то очевидно, что случившемуся после предшествовало случившееся до, а значит, у двух причастий должны соединяться грамматические признаки времени. Все это, на наш взгляд, доказывает то, что действие, повлёкшее тяжкие последствия, следовало назвать угрожавшим.