В предложении возможен любой из перечисленных союзов. Как свидетельствует языковой материал, приводимый в справочниках, союз нежели чем имеет то же значение, что и чем. Союз нежели (без чем) выполняет ту же функцию в предложении, но придает ему книжную стилистическую окраску.

Корректно с запятой перед частицей только, сопровождающей подчинительный союз если: Отменить формирование отчета можно, только если он находится в статусах «Создано», «Проверяется», «Формирование». 

Если мне кажется употребляется с последующим союзом что (как в примере из стихотворения Расула Гамзатова в переводе Н. Гребнева), то это главная часть сложноподчиненного предложения, а союз что открывает придаточную часть. Если же при мне кажется нет придаточной части с союзом что, как во втором вашем примере, то это вводное предложение.

Оба варианта являются допустимыми с точки зрения норм русского литературного языка. Выбор зависит от намерения автора и желаемой стилистики. В первом варианте мы имеем дело с бессоюзным сложным предложением («Мне сказали, мой стиль похож на твой.»), где связь частей осуществляется с помощью интонации. Во втором варианте используется союз «что» для соединения частей сложноподчинённого предложения («Мне сказали, что мой стиль похож на твой.»). Оба варианта могут быть использованы в речи, но второй вариант более распространён и формален.

В этом предложении сочинительный разделительный союз а то (ему синонимичен иначе; в этом же значении может употребляться или, но это бывает редко). Предложение, соответственно, сложносочиненное.

В этом предложении союз как имеет значение «в качестве» (= в качестве уполномоченного органа), что не требует знаков препинания.

Вы правы, запятая не нужна. Союз и соединяет два сказуемых (был закопан и сохранился), относящихся к одному подлежащему — который.

В этом предложении оборот с союзом как не выражает значения сравнения, союз как равен по значению предлогу в качестве, что не требует постановки запятых.

К приведенным примерам указанное правило не применимо: в них нет однородных сказуемых при одном подлежащем, как нет и «независимых предложений». В первом случае союз и связывает две части, объединенные разговорной вопросительной частицей а если (эта частица приведена, в частности, в «Толковом словаре сочетаний, эквивалентниых слову» Р. П. Рогожниковой (М., 2003)) и, соответственно, общей вопросительной интонацией, что отменяет постановку знаков препинания (см. пункт 5 параграфа 112 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): А если я израсходую их и что-то случится? Во втором случае мы имеем дело со сложноподчиненным предложением, в котором придаточная часть находится перед главной, что допускает постановку тире: Когда он вернётся — мне конец.

А также — союз, а после союза запятая не ставится, если далее не следует конструкции, требующей выделения запятыми (вводного слова, обособленного оборота и т. д.). В приведенном примере сочетание в случае (,) если это установлено муниципальными нормативными правовыми актами выглядит скорее вставной конструкцией, которую в официальном документе уместно выделить скобками. При этом составной союз в случае если, находящийся в начале вставной конструкции, не расчленяется запятой (см. «Справочник по пунктуации»): ...а также (в случае если это установлено муниципальными нормативными правовыми актами) граждане РФ, достигшие на день проведения схода 18 лет.