Верно: в трех тысячах городов.
Оба варианта возможны.
См. в Горячей десятке вопросов.
Этому вопросу посвящена статья в рубрике "Письмовник": 90">http://www.gramota.ru/spravka/letters/?rub=rubric90.
Верно: в городе Санкт-Петербурге. См. в «Письмовнике».
Корректно: южнее города Бендера (или более употребительное Бендеры), при освобождении городов Бендера (Бендеры) и Белгорода-Днестровского, при освобождении городов и портов Тулчи и Сулины (Румыния), при освобождении городов Варны и Бургаса.