Корректно: в устье реки Колымы.
В сочетании с географическим термином река названия рек женского рода обычно склоняются: в долине реки Печоры.
Верно: Охта.
См. ответ на вопрос № 279720.
Следует склонять: ...реки Вятки.
С географическим термином река наблюдается тенденция склонять названия женского рода и не склонять названия мужского рода: у реки Волги, но у реки Евфрат, у реки Иордан.
Предпочтительно: реки Томи.
В названии реки произносится [тэ].