Верно: дупло в дубе.
Лучше оформить такое предложение более наглядным выделением элементов разного уровня. Например:
Будет принято решение о готовности ООО «Дуб» к выполнению следующих видов работ: 5. Демонтаж (в части: 5.1. Демонтаж строений; 5.2. Демонтаж труб); 7. Разработка проектов; 8. Транспортировка (в части: 8.1. Транспортировка грунта; 8.2. Транспортировка труб), — а также о готовности к выполнению следующих видов работ при обследовании: 1. Ремонт трубопроводов; 13. Инженерные работы (за исключением геодезических работ).
Правильно: цвет фуксии, дуба, шоколада, молока, беж, но: цвет «дуб», цвет «темный орех».
Лучше всего написать: лес, в котором растут только каменные дубы (...растет только каменный дуб).
В данном случае имеет значение, какое существительное перед нами — одушевленное или неодушевленное. Такие существительные мужского рода имеют разные окончания в формах винительного падежа, ср.: видеть мальчика (медведя, рыбака), сказка про мальчика (медведя, рыбака) — видеть бублик (дуб, стол), сказка про бублик (дуб, стол). Иначе говоря, слово колобок выступает здесь как неодушевленное существительное.
«Как слышится, так и пишется» – такой принцип построения орфографии называется фонетическим. На нем построены орфографические системы некоторых языков, например белорусского (но не во всех случаях) или грузинского.
В основу орфографии русского языка положен иной принцип – фонемный (его еще называют фонематическим и морфологическим). Суть его заключается в следующем: каждая морфема (корень, приставка, суффикс) пишется по возможности одинаково, несмотря на то что ее произношение в разных позиционных условиях может быть разным. Мы произносим [дуп], но пишем дуб, т. к. в этом слове тот же корень, что и в слове дубы; произносим [з]делать, но пишем сделать, т. к. в этом слове та же приставка, что и в слове спрыгнуть и т. п. Фонемному принципу отвечает 96 % написаний. И лишь 4 % – это разного рода исключения. В том числе – обусловленные действием фонетического принципа, например написание ы вместо и после приставок на твердый согласный: безыдейный (хотя идея), надындивидуальный (хотя индивидуальный). Вот здесь как раз и действует принцип «как слышится, так и пишется»: слышится ы – и пишется ы.
См. в рубрике «Актуальный вопрос».
В словообразовательном смысле это слово мотивировано словом дуб (образовано от этого слова).
Алломорф – это вариант морфемы, например: [дуп] – [дуб], брать – беру, весной – весною. Вы имеете в виду варианты [обуф'] (обувь) – [обув] (обувной)?