Согласно «Словарю собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко (М., 2010), Халкидики – несклоняемое название.
Запятая после слова например нужна. Если вводное слово находится в начале оборота, заключенного в скобки, то оно отделяется запятой. См.: Розенталь Д. Э. Справочник по русскому языку. Пунктуация. М., 2003. Параграф 25 («Вводные слова и словосочетания»), пункт 4, примечание 2.
Корректно со строчной: архаический, классический, эллинистический, позднеэллинистический и т.д. периоды в истории Древней Греции.
Предложение составлено верно.
Предложение составлено верно, его не нужно менять.