Противоречия в материалах нет: в первом рекомендация дана для названий, написанных кириллицей, (они заключаются в кавычки), во втором – о названиях, написанных как кириллицей, так и латиницей (последние в кавычках не пишутся). Корректно: портал «Грамота.ру», но сайт Google, компания Google, платформа Moodle. 

В ближайшее время мы дополним первый материал сведениями о названиях на латинице. 

Корректно: Деятельность компании регулируется региональной энергетической комиссией – департаментом цен и тарифов Краснодарского края. При этом не в официальных документах слова департамент цен и тарифов, по-видимому, можно опустить, т. к. в положении о комиссии фигурирует только первая часть названия. О том, как называть комиссию в документах, будет правильно уточнить в самой комиссии, обратившись туда напрямую. 

Такое слово пока что не утвердилось в русском языке, поэтому и его грамматические характеристики вариативны. Однако речевая практика показывает, что чаще оно употребляется как существительое мужского рода: В сеть попал роадмап компании Toshiba на 2009-2010 год [Новости мобильной индустрии (2009)]; Ясный роадмап, сжатые сроки, ЗП высокая [CypRus Helpers. telegram CypRus Helpers (18.05.2022)] 

Вот как эти варианты описывает справочник "Управление в русском языке" Д. Э. Розенталя:

Специализироваться по чему - приобретать специальные познания, навыки в какой-либо отрасли науки или техники.

Специализироваться в чем и на чем - закрепляться за какой-либо одной специальной областью деятельности или сферой использования.

Таким образом, верно: студент специализируется по физиотерапии; компания специализируется в  нефтедобыче (на нефтедобыче).

Здесь необходимо тире: ООО «Рога и копыта» гарантирует, что полученные в процессе регистрации личные данные Пользователя будут использоваться исключительно для внутренних целей компании, как то: идентификация Пользователя, сбор статистических данных, отправка ответов по электронной почте и т. д. – и ни при каких условиях не будут передаваться третьим лицам. Тире ставится после однородных членов, стоящих после обобщающего слова.

Корректно: кавалера ордена "Меценат", кавалеру ордена "Меценат" и т. п.  

При наличии родового слова (ОАО, компания, фирма, роман и т. д.) название в кавычках не склоняется; если же родового слова нет, название склоняется. См., например: Русская грамматика. М., 1980; Л. К. Граудина, В. А. Ицкович, Л. П. Катлинская. Грамматическая правильность русской речи. 1976 и далее.

Корректная пунктуация.

1. Виталий начал работать кровельщиком в строительной компании и через пару месяцев за отличную работу получил первое повышение в своей жизни – стал бригадиром, c солидным даже для никогда не бывавших за колючей проволокой опытных специалистов заработком. (Запятую перед словами "с солидным..." можно не ставить).

2. В 17 лет за ограбление квартиры молодой человек получил тюремный срок — около пяти лет.

Оснований для постановки тире нет. Требуются запятые перед если, между названиями доменов, а также пробел и точка в и т. д.: Еще раз обращаем Ваше внимание на то, что корневые зоны (TLD — Top-Level Domains) находятся под управлением американских компаний, поэтому, если Вы владелец домена .com, .net, .org, .biz и т. д., Вам стоит сменить регистрационные данные на отличные от крымских.

При цитировании желательно ставить кавычки независимо от того, на каком языке идет цитата.

Относительно наименований единое правило для всех дать невозможно. Общий подход: если название дается в кириллическом тексте на английском (без транслитерации), то оно пишется так, как в языке-источнике. При этом нужно различать нарицательные понятия, которые пишутся со строчной (напр., helicopter view, soft skills), и наименования компаний, мероприятий и т. п. — с прописной.

Правила не изменились: по нормам русской орфографии по-прежнему недопустимы слитные написания с прописной буквой в середине слова (см., например, § 151 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).

К сожалению, игнорирование этой нормы не препятствует фиксации подобных названий в регистрационных документах компаний. А дальше во всей документации название приходится писать так, как оно закреплено в уставе.