Действительно, некоторые словари фиксируют существительное в единственном числе сот. Также оно встречается в литературе и публицистике — но в основном в том же значении, что и соты (совокупность ячеек).

Таким образом, слово существует, но употребляется редко, сильно уступая форме множественного числа.

Для обозначения одной ячейки в литературе иногда используется вариант сота (женского рода), но нам не удалось найти словари, которые фиксировали бы его как нормативный.

Выделяется запятыми сравнительный оборот с союзом как. Если же союз имеет значение 'в качестве' и оборот не содержит сравнения (как в данном предложении), запятые не ставятся.

Знаки препинания расставлены верно, в данном случае деепричастный оборот не обособляется.

Извините за задержку с ответом.

1. Запятые не нужны в обоих случаях.

2. Корректно: Эти ячейки пусты или не задействованы.

Если цитата заключена в кавычки, то знак сноски должен ставиться сразу после закрывающих кавычек. Если же кавычки не ставятся (используется выделение курсивом), то уместно поставить знак сноски в конце последнего предложения, предваряющего таблицу.