Да, Вы правы, такое построение предложения создает двусмысленность. 
Правильным вариантом будет: «Пусть A – точка на параболе, F – фокус параболы, d – директриса параболы, AD – перпендикуляр, опущенный на директрису.» В этом случае, «F» и «d» относятся к параболе, а не к точке A.

Правила есть. Многоточие в угловых скобках заменяет опущенный при цитировании текст из одного или нескольких предложений: Предложение цитаты. <...> Предложение цитаты. Пропуск нескольких слов и словосочетаний обозначается просто многоточием.

Да, у многоточия в русском письме несколько функций. Внутри предложения многоточие может использоваться для передачи прерывистого характера речи, для передачи затрудненности речи, для указания на несовместимость значений слов, на необычность, алогичность их сочетания. Но такое употребление многоточия встречается, как правило, в художественных текстах или в публицистической речи, в то время как употребление многоточия для обозначения пропуска слов при цитировании характерно для научного стиля.