Правильно: Ямской приказ.
Ударения указаны правильно. Почему именно так? В русском языке ударение подвижное, поэтому оказывается возможным такой сдвиг, как ЗвенИгород - ЗвенигорОдский, Ям - ямскОй.
Склонение названия (в Седельникове) не диалект, а грамматическая норма русского литературного языка. Несклоняемый вариант (в Седельниково) тоже верен. Подробно о склонении географических названий см. в «Письмовнике».