Правильно через дефис: экс-сотрудник ЦРУ.

Правильно: цэмовские.

См. словарную фиксацию.

Повторять знак номера не нужно: ЦБУ № 1 и 2.

Правильно через дефис: ЖЭУ-3.

Недопустимо слитное или дефисное написание с приставкой или первой частью сложного слова, если вторая часть содержит пробел, т. е. представляет собой сочетание слов. В этих случаях слитные или дефисные написания, рекомендуемые основными правилами, должны заменяться раздельными. Например, следует писать: лже доктор наук, псевдо произведение искусства, теле круглый стол, мини стиральная машина; экс Советский Союз, псевдо Ван Тог, пол рабочего дня, пол столовой ложки, пол Московской области.

При этом в сочетаниях экс-сотрудник ЦРУ, экс-глава ФСИН вторая часть сложного слова представлена одним словом (сотрудник, глава), т. е. возможно самостоятельное употребление сочетаний экс-сотрудник, экс-глава. Таким образом, правило о замене дефиса пробелом не распространяется на эти слова.

Запятая возможна. Она показывает, что оборот за цеу является присоединительной конструкцией, т. е. произносится после паузы.

Запятая ставится.

Со строчной буквы: Награжден почетными грамотами Совета Министров СССР, ЦСУ СССР, Министерства экономического развития РФ.

Корректно: ...назначить ответственным за работу с договорами табельщицу А. И. Иванову.