Запятая в указанном месте нужна, потому что она закрывает причастный оборот содержащие глютен.
Сокращение, конечно, неудачное. Желательно заменить его на полное наименование. Но если такой возможности нет, то лучше использовать Ваш вариант.
Оба варианта возможны. Слова, зависящие от глагольной формы с отрицанием, могут стоять в форме как родительного, так и винительного падежа, если в зависимости от глагола без отрицания они употребляются в винительном падеже: содержит сою, глутамат натрия – не содержит сои, глутамата натрия / не содержит сою, глутамат натрия.