В этом названии с большой буквы пишется только первое слово: Совет труда и обороны. См.: Лопатин В. В., Нечаева И. В., Чельцова Л. К. Прописная или строчная? Орфографический словарь. М., 2011.

Корректно написание строчными буквами.

Слова ученый совет пишутся строчными.

Это явление можно назвать разновидностью омонимии (или, как художественный прием, паронимическая аттракция).

Корректно: ...направить на утверждение в совет директоров, на утверждение советом директоров.

В то время, когда существовал этот орган, в его наименовании все слова писались с прописной: Совет Народных Комиссаров. Но сейчас нормативно: Совет народных комиссаров. Поэтому, если речь идет, например, о современной книге по истории СССР, корректно придерживаться современного написания, если нужна имитация орфографии тех лет, – исторического написания.

Слово декрет пишется с прописной только как первое слово официального названия документа, напр.: Декрет о мире, Декрет о земле.