Текст составлен верно, однако мы рекомендовали бы использовать именно слово маркировки (существует несколько различных методов маркировки кабелей).

День России — поясняющее приложение к существительному праздник, оно согласуется с ним и обособляется: В связи с праздником — Днем России — 12 июня режим работы будет изменен.

Да, приложение учителю физики школы № 5 выделяется запятыми: Благодарность Ивановой Марии Алексеевне, учителю физики школы № 5, за выступление на семинаре.

Здесь возможны варианты в зависимости от того, что хочет сказать автор. Если смысл предложения в том, что трамвай подлежит страхованию в качестве транспортного средства, а не в каком-то ином качестве, то оборот с союзом как выделять запятыми не нужно. Если же оборот называет причину, по которой трамвай подлежит страхованию (транспортное средство — приложение), то он обособляется.

Приложение мастер экспериментов, находящееся перед именем собственным Дмитрий Хогварц, не обособляется (пункт 1 параграфа 63 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина). Правда, если автор логически выделит сочетание мастер экспериментов, а имя собственное сочтет попутным замечанием, то уже это имя собственное станет поясняющим обособленным приложением при сочетании мастер экспериментов (см. примечание к пункту 1 параграфа 63 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина). Соответственно, основным является вариант без обособления, а вариант с обособлением допустим, если автор хочет особенным образом расставить акценты в высказывании.

Работает грамматическое правило: два подлежащих с предметным значением предопределяют форму множественного числа сказуемого: договор и приложение подписаны.

Приложение правда, относящееся к личному местоимению она, требует обособления; причастный оборот добытая с таким трудом относится к следующему затем сочетанию определения-прилагательного горькая и определяемого слова правда, а в таких случаях запятая перед прилагательным не ставится (см. параграф 38 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина): Вот она, добытая с таким трудом горькая правда! Поскольку приложение распространено и стоит в конце предллжения, возможен вариант с тире вместо запятой: Вот она — добытая с таким трудом горькая правда! 

Приложение Иванова Анна имеет уточняющий характер и должно быть обособлено запятыми или тире: 1) Одна из участниц совещания, Иванова Анна, не согласилась с общим решением; 2) Одна из участниц совещания — Иванова Анна — не согласилась с общим решением. См. пункт 2 параграфа 63 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).

Вообще говоря, имя собственное не всегда имеет уточняющий характер по отношению к стоящему перед ним имени нарицательному. Например, возможны варианты: Моя сестра, Маша, сказала... и Моя сестра Маша сказала...; Директор филиала, И. И. Иванов, объявил... и Директор филиала И. И. Иванов объявил... Однако в Вашем случае возможен только вариант с обособлением, поскольку сочетание одна из участниц требует конкретизации.

Сочетание Brand One и Brand Two — поясняющее приложение к сочетанию двух брендов. Поясняющее приложение нужно выделить парными запятыми или тире.

Такая постановка знаков препинания некорректна. Поясняющее приложение Федеральная пассажирская компания (ФПК) нужно выделить либо парными запятыми, либо парными тире.