Правильнее сказать: чтение лекций.

Корректная пунктуация: По таким предметам, как английский язык и физическая культура, преподавание ведется по учебникам авторов, у которых создана единая линия преподавания предмета с 1 по 11 класс.

Мы знаем :) Пунктуация зависит от смысла предложения. Если смысл в том, что два иностранных языка начинают изучать уже в первом классе, запятая не нужна. Оборот с предлогом начиная с не обособляется, если этот предлог в буквальном смысле указывает на время начала чего-либо, в этих случаях слово начиная обычно можно опустить без ущерба для смысла и структуры предложения (ср.: В школе ведётся преподавание двух иностранных языков с 1-го класса).

Но если смысл предложения в том, что в школе преподаются именно два иностранных языка (логическое ударение на слове двух), а слова начиная с 1-го класса носят характер попутного пояснения (т. е. это дополнительная, необязательная информация), тогда запятую перед начиная надо сохранить.

Приведите, пожалуйста, предложение целиком.

Спасибо, что заметили ошибку. Исправлено.