А каким принципом в таком случае руководствоваться?
Если при этом Вы не вводите читателя в заблуждение, если неразграничение терминов не мешает правильному пониманию смысла статьи, то таким разграничением можно пренебречь.
Противоречие можно объяснить тем, что в толковании слова устный Вы не найдете слова уста. Морфемный словарь следует формальному критерию: если этимологически близкого слова нет в толковании, то корни будут разными. Как нам кажется, в случае со словом устный этим формализмом можно было бы пренебречь. Впрочем, Вы можете ориентироваться и на рекомендации словаря, почему нет?