Второй вариант предпочтителен.
В этом случае сочетание: две души. Числительное два (две) требует формы единственного числа родительного падежа, поэтому ударение падает на и: две душИ.
Само по себе выражение "тоска падает на душу" не вполне удачно. Выбор формы местоимения - за Вами.
Верно: дупло в дубе.
Предпочтительно: ваша скромность и чистота души.
В значении 'нравиться' правильно: быть по душе кому-либо. Правильно: будет по душе детям и родителям.
Верное написание: в изумлении и в изумленье.