Знаки препинания в этом предложении расставлены верно. Запятая после слова понятно закрывает придаточное предложение.
Корректно: Постепенно, день за днём ты будешь становиться мудрее.
У сравнительной степени прилагательного нет окончаний, -ее (-ей) – это суффикс. Возможны оба варианта, они различаются стилистически: вкуснее (быстрее, скорее, мудрее...) – нейтральный вариант, вкусней (быстрей, скорей, мудрей...) – разговорный. От рода существительного это никак не зависит.