Возможны оба варианта.

В пишущихся через дефис прилагательных, образованных от географических названий, обе части пишутся с прописной буквы, если эти прилагательные начинают собой наименования –  географические и административно-территориальные, наименования исторических событий, учреждений, памятников и т. п., например: Западно-Сибирский металлургический комбинат, Санкт-Петербургский государственный университет, Орехово-Зуевский педагогический институт, Нью-Йоркский филармонический оркестр, Алма-Атинский метрополитен. В остальных случаях они пишутся строчными. Правильно: алма-атинские истории (в середине предложения), Алма-атинские истории (в начале предложения). В названии книги: «Алма-атинские истории».

При существительных женского рода, зависящих от числительных два, три, четыре, определение, находящееся между числительным и существительным, чаще стоит в форме именительного падежа множественного числа: четыре разные истории.

Предпочтителен первый вариант.

Корректно: статья об истории города.

Оба варианта верны, выбор может зависеть от контекста.

Корректно: истории изобретений.

Да, именно такое ударение – верное.

В документах, если это название употребляется вместо официального, прописная буква обязательна. Также и в публицистике, если нужно подчеркнуть, что речь идет о конкретном музее.