Правильны оба варианта (см. в окне «Искать на Грамоте»).
Да, это сказуемое придаточной части.
Корректно: Маленькая, плотная положительно заряженная структура в центре атома.
Запятая после в среднем лишняя. В остальном пунктуация верна. Писать слово аккумуляторы дважды необязательно, корректно: В среднем из каждых 80 поступивших в продажу аккумуляторов 76 заряжены.