Первый вариант неправилен. Второй вариант возможен, также возможен и вариант написания без прописных букв. По отношению к ведомству Морского министерства Российской империи, полагаем, сейчас приемлемы оба написания. Какой была форма названия в официальных документах, нам установить не удалось, но в публикациях об истории российского флота встречаются и вариант со строчной, и вариант с прописной (неправильные написания тоже попадаются, но на них ориентироваться не стоит). Главное, чтобы в одном тексте использовался какой-то один вариант.
Название должности генеральный директор пишется со строчной. С прописной буквы пишутся названия высших государственных должностей (и то не во всех текстах).
Географические названия, употребляемые в функции приложения в сочетании с родовым словом штат, как правило, не склоняются. Корректно: в штате Техас, в штате Алабама.
Правильно: в штате Вашингтон.
Правильно: стоят.