Верно: библиотеки вузов.
Правильно строчными: одного из уфимских вузов.
Пунктуация зависит от смысла: Написал, что он вдовец и сейчас живет один (= написал, что он вдовец и что он сейчас живет один); Написал, что он вдовец, и сейчас живет один (= написал и живет).
Склоняются только мужские фамилии, оканчивающиеся на согласный.
Оба варианта согласования возможны.