Обстоятельство иногда в принципе может быть отнесено как к обеим частям, соединенным союзом да (здесь он имеет значение «и»), так и только к первой из них. Впрочем, во втором случае логично было бы ожидать в начале второй части какое-либо другое обстоятельство, например: Иногда над головой пролетала с пугливым кряканьем утка, да постоянно слышно было, как...
Для постановки запятой между сказуемым вышла и обстоятельством цели вынести (так называемым целевым инфинитивом) нет оснований, поэтому правильно без нее: Вышла из дома в ночь вынести мусор. Впрочем, в условиях контекста сочетание вынести мусор можно счесть присоединительной конструкцией, которая содержит попутное замечание, дополнительную информацию; в таком случае ставится тире: Вышла из дома в ночь — вынести мусор.
Понятие уточнения комплексное, сочетает в себе логический и коммуникативный аспекты, то есть касается как передачи соотношения понятий, так и акцентирования каких-либо слов и сочетаний, выражающих эти понятия. Различие между вторым и третьим примерами состоит в том, что в одном из них вначале названо более широкое понятие (словоформой в университете), затем более узкое (словоформой в библиотеке), в другом — наоборот. Это влечет за собой различия в функциях второй словоформы: если во втором примере перед нами классический случай сужения понятия и вторая словоформа служит уточняющим обстоятельством, то в третьем примере словоформа в университете играет роль несогласованного определения к существительному библиотека.
Первый и четвертый примеры различаются прежде всего тем, какие понятия в них акцентированы. Конечная позиция сочетания в библиотеке при университете (к слову, это сочетание существительного с несогласованным определением) говорит о том, что это сочетание несет на себе логическое ударение и содержит важную, а не дополнительную, попутную информацию. В четвертом примере словоформа в офисе находится в позиции уточняющего обстоятельства. Впрочем, в более широком контексте, например при сопоставлении, это может оказаться не так, сравним: На работе в офисе он дремал постоянно, а на работе в университете иногда был энергичным — здесь в офисе невозможно счесть словоформой, несущей попутную информацию и выделить запятыми.
Сочетание не покладая рук фразеологическое и не требует обособления. Впрочем, возможно и установление отношений уточнения между обстоятельствами хорошо и не покладая рук (=без устали, непрерывно) — в таком случае запятая нужна.
В конце этикетных фраз обычно ставится восклицательный знак: Спокойной ночи! Здравствуйте! Спасибо! Впрочем, точка вместо восклицательного знака также не будет ошибкой.
В этом предложении нужно тире в соответствии с правилом о постановке тире между подлежащим и сказуемым-существительным. Впрочем, если в письменной речи отражено произношение с логическим ударением на сказуемом, тире может не ставиться. См. параграф 10 (с примечанием) полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.
Определение при существительном, зависящем от числительных два, три, четыре, имеет некоторые особенности употребления (см. «Справочник по правописанию, произношению, литературному редактированию»). Если такое определение (обычно обособленное) стоит после счетного оборота, то чаще оно ставится в форме именительного падежа множественного числа, например: Направо от двери были два окна, завешенные платками (Л. Толстой); Последние два письма, писанные карандашом, меня испугали (Чехов); ...Два огромных осмоленных корыта, привалившиеся друг на друга... торчащие у самого выхода в открытую воду (Федин); Подкатили к колхозному амбару два грузовика, груженные мукой (Ю. Лаптев). Исходя из этого, верно: У него два документа, удостоверяющие его личность. Впрочем, вариант с формой родительного падежа множественного числа (два документа, удостоверяющих его личность) также не является ошибочным. Судя по корпусным данным, подобные сочетания употребляются в текстах в три раза реже, чем сочетания с именительным падежом множественного числа.
Сочетание когда надо здесь может быть воспринято как цельное по смыслу выражение, которое не требует выделения запятыми (= «в необходимых случаях»). Впрочем, оно может считаться и придаточным предложением, особенно если логическое ударение в предложении мыслится автором на слове поколотить; в таком случае когда надо приобретает свойства присоединительной конструкции. Сравним примеры, приведенные в параграфе 41.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: Просторечные слова стали употреблять где нужно и не нужно («везде»). — Поставить, где нужно, недостающие знаки препинания («где это нужно»).
Если рассматривать это предложение как простое с двумя сказуемыми, то с помощью тире выделена пояснительная конструкция. Впрочем, предложение можно считать и бессоюзным сложным (вторая часть представляет собой односоставное определенно-личное предложение).
Словарные данные о глаголе поместиться подтверждают Вашу правоту. Впрочем, в Национальном корпусе русского языка находим много примеров сочетания «помещаться куда-л.», причем этот вариант нельзя назвать новым, ещё в XIX веке писали: Особенно долго возился он с письменным столом, который никак не хотел поместиться в назначенный для него простенок... [И. С. Тургенев. Накануне (1859)]; Обыкновенно пустующий в это время года дорогой курьерский поезд наполнился пассажирами (...). Но далеко не все поместились в вагоны. [Вл. А. Гиляровский. Солнечное затмение под Москвой (1887)].
