Правильно: контрольная работа по алгебре.
В отмеченных местах запятые не нужны. Если союз как имеет значение «в качестве», то присоединяемый им оборот не является приложением и не обособляется (предложения 1 и 2). Не выделяются запятыми обороты с союзом как, если они тесно связаны по смыслу со сказуемым (предложение 3). Также см. «Правила».
Правила о наращении окончаний после буквенных обозначений те же, что и для наращения окончаний после цифр. Эти правила Вы найдете в «Письмовнике».