Написание Пор-Бажын не является нарушением орфографической нормы. Правило о недопустимости написания букв Я, Ю, Ы после шипящих не распространяется на иноязычные собственные имена, а также на сложносокращенные слова и буквенные аббревиатуры.
Археологический заповедник, названный по географическому объекту, должен сохранить написание исходного названия. Если слово могила (как местный термин) входит в название географического объекта, то оно записывается с прописной буквы (подробнее об этом см. в правилах употребления прописных и строчных букв в географических названиях, § 1). Таким образом, написание названия заповедника с двумя прописными буквами обоснованно.