Верен второй вариант: местонахождение образовательного учреждения.

Название учреждения, заключенное в кавычки, не склоняется: муниципального бюджетного образовательного учреждения "Школа-гимназия № 1".

Правильно: Иванова Е., ученица муниципального образовательного учреждения «Озёрная СОШ № 9».

В Вашем примере связаны грамматические и орфографические проблемы. Правильны будут варианты: 

В отношении муниципального бюджетного образовательного учреждения дополнительного образования «Центр творческого развития "Октябрьский"» (Названия в кавычках не склоняются.)

В отношении муниципального бюджетного образовательного учреждения дополнительного образования Центра творческого развития «Октябрьский» (Часть названия без кавычек склоняется.)

Выбрать нужно тот вариант, в котором написание названия — в кавычках или без них — совпадает с тем, как оно написано в уставе организации.

Слово муниципальный в подобных названиях правильно писать со строчной буквы, но тенденция писать с заглавной, обозначая начало полного официального наименования, очень сильна.

Корректен второй вариант. 

Верно: ...44 образовательных учреждения.

Корректно: приказ руководителя учреждения, приказ по учреждению.

Слово заведующий управляет творительным падежом. Правильно: заведующему муниципальным дошкольным образовательным учреждением «Детский сад № 67».