Если слова по сути употреблены в значении "в целом", то запятая не ставится. В значении "в сущности говоря" эти слова могут рассматриваться как вводные и обособляться.

Верно: два подъездных пути.

В значении 'остров' Гаити – существительное мужского рода; в значении 'государство' Гаити может употребляться как существительное среднего рода и как существительное женского рода.

Эти предложно-именные сочетания неоднозначны (имеют по нескольку значений), поэтому без конкретных контекстов разницу объяснить трудно: это займет несколько страниц текста. Обратим внимание лишь на некоторые значения.

Сочетание "в пути" может употребляться в значении "во время пути", "в течение путешествия": В пути мы познакомились с Владимиром.

Сочетание "по пути" может использоваться в выражении "нам по пути" (у нас общая цель путешествия, общие задачи): Ты хочешь добиться повышения зарплаты? Значит, нам по пути.

Сочетание "на пути" может обладать пространственным значением: "на поверхности дороги". На нашем пути встала непреодолимая преграда. 

Верно без запятых: Пусть желающие идти по верному пути идут...

Пунктуация зависит от смысла. Если слова по сути употребляются в значении по сути говоря, то они являются вводными, запятая нужна: По сути, это капитуляция. Но они могут являться и членом предложения, например: По форме это победа, а по сути это капитуляция. В таком случае запятая не нужна.