Мужская фамилия склоняется, женская нет.
Оба варианта возможны, однако лишь в разговорной речи.
Склоняются все компоненты имени, оканчивающиеся на согласный: Абу Хамиса Фарука Махамада, Абу Хамису Фаруку Махамаду.
Непонятно, кто кому выплачивает?
Верно: ГБУ "Жилищник" выполнило.
Пунктуация зависит от смысла и интонации. Если имеется в виду "уже два года", то верно: Да, уж два года. Если имеется в виду "Ну да, два года", то верно: Да уж, два года.
Повторять знак номера не нужно: ЦБУ № 1 и 2.
Да, и такой вариант возможен. Спасибо за дополнение!