Пунктуация корректна. Обратите внимание: знак % нужно отделить от цифры пробелом.
Запятая нужна, так как союз или присоединяет пояснительный член предложения.
Если имеется в виду, что "рыбьи" паразиты распространяются непосредственно на рыбах или внутри них, то следует предпочесть второй вариант.
Кавычки одного рисунка рядом не повторяются: "РНЦ "КИ". По возможности лучше использовать кавычки разного рисунка: «РНЦ "КИ"».