Корректно: выдать Николаю Печеню.
Обычно местоимение его относится к ближайшему существительному мужского рода в форме единственного числа. Но все же здесь возможно двоякое толкование, и предложение лучше построить иначе.
Да, мужскую фамилию нужно склонять.