Слова сама по себе не изменяются по падежам: нет кошки, которая гуляет сама по себе, вижу кошку, которая гуляет сама по себе.
Правильно без тире: Кошка, кстати, животное. См., например, пункт 6 параграфа 15 «Правил русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).
Запятые не нужны.
Отдельного орфографического правила, регламентирующего написание названий банд, нет. Но вполне можно руководствоваться общим правилом, которое гласит, что в названиях, состоящих из родового наименования и наименования, не сочетающегося с ним синтаксически, последнее заключается в кавычки, в нем пишутся с прописной буквы первое (или единственное) слово и собственные имена: банда «Черная кошка».
Вы правы. В слове кошка корень кош- и суффикс -к-. (См.: Тихонов А. Н. Морфемно-орфографический словарь. М., 1996).
Это животное не кошка и не собака.