Фамилия Шкандыба склоняется (и мужская, и женская). Что касается фамилии Ворочай – склоняется только мужская фамилия.

Следует обособить, но лучше при помощи скобок или тире.

Прилагательное вороний (-ья, -ье) толкуется нормативными словарями как «принадлежащий вороне», воронов — «принадлежащий ворону», поэтому если речь о во́роне, то правильно во́роновы перья.

Да, это однокоренные слова.

Проверяемые слова иногда включают в списки словарных слов. Это может быть сделано, чтобы обратить особое внимание на трудные слова, на слова определенной модели, с каким-то общим элементом (например, с сочетанием оро).

В этом предложении подлежащее находится внутри деепричастного оборота. Деепричастные обороты, включающие в свой состав подлежащее (разумеется, не выделяемое внутри оборота запятыми), встречаются в стихотворных текстах у поэтов-классиков. Ср. другие примеры: Услышав граф её походку и проклиная свой ночлег и своенравную красотку, в постыдный обратился бег (А. С. Пушкин); Но рабскую верность Шибанов храня, свово отдаёт воеводе коня (А. К. Толстой).