Можно так: В ответ на ваш запрос сообщаем, что наша организация...

Кавычки нужны, название организационно-правовой формы пишется с маленькой буквы. Вы написали верно: автономная некоммерческая организация "Международная академия", АНО "МА".

Запятые нужны, но обратите внимание, что дополнение в данном случае не следует отрывать от причастия. Корректно:  ГУП "Ромашка", организация, подведомственная Департаменту... города Москвы, выполняет работы...

Лучше: Наша организация выражает готовность выполнить работы... Или так: Наша организация готова выполнить работы...

Нужно поставить двоеточие: ...сообщаем следующее: наша организация провела осмотр...

Вот что говорится в экономическом словаре:

ПРЕДПРИЯТИЕ — самостоятельный хозяйствующий субъект с правами юридического лица, производящий продукцию, товары, услуги, выполняющий работы, занимающийся различными видами экономической деятельности. Различают государственные, муниципальные, коллективные, индивидуальные (семейные, частные) предприятия.

ОРГАНИЗАЦИЯ — (франц. organisation от лат. organizo — придаю стройный вид) — 1) строение, устройство системы; 2) составляющая процесса управления, суть которой — координация действий отдельных элементов системы, достижение взаимного соответствия функционирования ее частей; 3) форма объединения людей для их совместной деятельности в рамках определенной структуры; система, призванная выполнять заданные функции, решать определенный круг задач, например, предприятие, компания, школа, институт, банк, правительственное учреждение; 4) совокупность лиц, выступающих в качестве единого субъекта деятельности определенного вида, выполняющих определенную общую функцию, обладающих вытекающими из этого правами и несущих ответственность.

Такое разделение возможно, но в конец первого предложения лучше добавить слово следующее: Организация... сообщает следующее. У Организации отсутствуют...