Если естественно в значении вводного слова, то его нужно выделить запятыми.
Пунктуация корректна.
Следует писать раздельно (естественно шероховатая), как сочетание наречия и прилагательного.
А в чем разница между физиологическим и естественным для автора этого предложения? Зачем он использовал оба слова?