Верно: Вы были заняты.
Правильно: вы едите в поезде ('принимаете пищу') и вы едете в поезде (передвигаетесь).
Лучше: А вы устриц ели? Подробнее см. в вопросе 280230.
Запятая нужна. При уважительном обращении к одному лицу местоимение Вы пишется с прописной буквы.