Верно: Установить тарифы на водоотведение для муниципального предприятия «Кран» при поставщике холодной воды – государственном предприятии «Вода». Слова государственном предприятии стоят в том же падеже, что и слова поставщике холодной воды (предложном).
Это значение у слова вода уже не является необычным, непривычным, оно фиксируется словарями русского языка. Но фиксируется, как правило, с пометой разг. (разговорное). Поэтому в нейтральном контексте кавычки могут быть уместны (они покажут, что слово принадлежит другому стилю речи). Окончательное решение принимает автор текста.
Верно: газированная вода.
Бутилированная вода (от глаг. бутилировать) – вполне правильное название.