Следующий - "ближайший по очереди". Следующая остановка = остановка, ближайшая к текущей. Следующая среда = среда, ближайшая к текущей (т. е. той, которая расположена на текущей неделе).
В зависимости от контекста возможны оба варианта.
Поставленная Вами запятая нужна.
Ударение падает на окончание: средА.
Предлагаем обратиться к нашим электронным словарям, набрав среда, стена (окно «Проверка слова»).
См. в окне «Проверка слова» (среда).
Если среда – "день недели", то варианты по срЕдам и по средАм равноправны. Если среда – "окружение", то только по срЕдам.