Правильно: Федерация бокса России (в том числе в середине предложения).
Вы правы, т. к. согласно Конституции Российской Федерации у нашей страны два равнозначных наименования – Российская Федерация и Россия. Аббревиатура РФ прижилась в канцелярско-бюрократическом языке, но лучше избегать ее употребления, если есть такая возможность.
В официальном названии организации с прописной буквы пишется первое слово и собственные имена, например: Спортивная федерация армейского рукопашного боя России. Термины пишутся со строчной буквы: армейский рукопашный бой.