Директор – должность, академик – звание, доктор наук – ученая степень. Наименования ученых степеней и ученых званий и почетные звания выступают в общем ряду как однородные приложения. А должность и звание – неоднородные приложения. Поэтому первая запятая не нужна, вторая нужна: директор Института Европы РАН академик РАН, д. э. н. Николай Шмелев.

Эти слова пишутся без запятых.

Лучше всего использовать такой вариант: Совет при Учреждении Российской академии наук «Вычислительный центр РАН».

Правильно: г. Уфы.

Верно: г-ну Кочерге (если именительный падеж - Кочерга).

Пробел после сокращений перед следующим словом ставится. Пробел – признак нового слова.

Аббревиатура РСН обычно пишется без кавычек (но полное название радиостанции надо заключить в кавычки:  «Русская служба новостей»).