Верен второй вариант.
Если придаточная часть сложноподчиненного предложения стоит перед главной, запятая между частями союза перед тем как обычно не ставится. Запятая после придаточной части (после ПО) нужна.
После проведения = по проведении. Но лучше: после орошения.
Знаки препинания расставлены верно.
В связи с утерей просим повторно подготовить и выдать копии документов по нижеперечисленным объектам...
Корректно: Для того чтобы подготовить, согласовать и подписать документы, информацию нам необходимо получать не позднее понедельника.