Корректны первый и второй варианты. Обратите внимание: перед словом позвонив нужна запятая (обособляется деепричастный оборот).

Правильно: за бОртом.

Запятая не нужна.

Можно вместо деепричастного оборота использовать придаточное предложение: Когда я был в командировке в Москве, мне удалось связаться с...

Кавычки не требуются.

Запятая нужна, она отделяет вводное слово казалось бы.

Правильно с ни.

Обосновать, почему в том или ином месте знак ставить не надо, труднее, чем объяснить, почему необходимый знак отсутствует: в правилах пунктуации в основном представлены случаи, в которых надо ставить тот или иной знак препинания, и гораздо меньше внимания уделяется ситуациям, когда никакой знак не ставится. При ответе на вопросы о конкретных предложениях часто приходится ограничиваться замечанием, что для постановки знака (знаков) нет оснований. Приведенное Вами предложение именно такое.

Впрочем, в этом предложении допустимы знаки препинания, выделяющие обстоятельство в темноте, которое можно логически осмыслить как уточнение к обстоятельству во время ненастья: Жутко оказаться в лесу во время ненастья, в темноте, рядом с диким зверьем.