Все названные Вами варианты возможны.
В образцовом литературном стиле правильно именно так: в небе над Кемеровом. Несклоняемый вариант (в небе над Кемерово) допускается в разговорной речи.
См. здесь.
Верно: В Кемерове.
См. «Письмовник».
См. вопрос 296895.
Верно: Вся Россия скорбит вместе с Кемеровом.
Склоняются, однако при употреблении с родовым наименованием Кемерово склонять не следует: в городе Кемерово.