Правилен первый вариант. После числительных два, три, четыре, а также составных числительных, заканчивающихся на два, три, четыре (например: 22, 73, 294), существительное ставится в форму род. падежа ед. числа.
Возможно: купить квартиру на вторичном рынке (жилья).
Корректно: квартира не свободна.
Правильно: 3-комнатная.
Корректно: жить в квартире, войти (идти) в квартиру.
Верно: уходит из квартиры.