Запятые не нужны: Все-таки военные есть военные.
Правильно: Все-таки есть польза от того, что существует оппозиция.
Верно, запятая нужна: она закрывает придаточную часть какой же он все-таки плохой.
Верно: Мне всегда казалось интересным, что души, лишь схожие отдаленно, все-таки могут объединяться. Лучше написать: схожие лишь отдаленно.